藏品
皇居三之丸尚藏館收藏著在皇室世代相傳的各式書畫及漆器、金屬工藝、陶瓷等工藝品，種類繁多，其來源亦不盡相同。
江戶時代以前的皇室珍藏
皇居三之丸尚藏館的藏品中，首先引人矚目的是古代至江戶時代的歷史長河中，在皇室世代相傳的作品。代表作包含在京都御所傳世，現被指定為日本國寶的《雲紙本〈和漢朗詠集〉》（11世紀）、16世紀末至19世紀的皇族（舊）桂宮家傳承的海北友松作《濱松圖屏風》（1605年）及狩野探幽作《源氏物語圖屏風》（1642年）等等。這些傳世珍寶，以皇宮（御所）為中心，如花朵般盛開來的宮廷文化，延續至今，繼續向世人傳承。
進獻皇室的作品
本館收藏品的另一大特色，是明治時代以後，神社、寺院及舊封建領主等社會各界向皇室進獻的作品。其中有許多在現代被指定為國寶的作品，包括「書聖」王羲之書信的唐拓本《喪亂帖》、鐮倉時代繪卷的代表作—高階隆兼作《春日權現驗記繪》（約1309年）、狩野永德作《唐獅子圖屏風》（16世紀）及伊藤若沖作《動植䌽繪》（18世紀）等聲名赫赫的作品。此外，每逢皇家喜慶，各方人士進獻的賀禮中，也不乏當時的頂尖美術工藝品。
皇室賞購品
到了近代，皇室還會購入博覽會和展覽會的傑出作品，例如旭玉山的牙雕傑作《官女擺件》（1901年）及土田麥遷的畫作《罌粟》（1929年）等等。在近代日本，皇室對優秀美術工藝品的賞購，讓當時的美術界生氣蓬勃。
御旨特製品
奉天皇或皇后的御旨而特製的作品，作為皇室成員參與制作的事例，其歷史意義亦倍受矚目。其中有些作品被指定為日本的重要文化財，例如，《明治十二年明治天皇御旨〈人物寫真帖〉》（約1880年）是收錄了約4500名皇族及政府高官肖像照片的寫真冊。1900年，為了在巴黎世博會向世界展現日本美術工藝的高超水準，明治天皇下旨命「帝室技藝員」製作了一批作品，遠赴西洋。並河靖之的作品《琺瑯四季花鳥圖花瓶》（1899年）就是其中之一。另外，《蒔繪螺鈿菊花紋裝飾架》（1903年）是近代漆藝的佼佼者，川之邊一朝與一眾同仁奉明治天皇之命製作而成的。
傳頌近現代皇室的活動與文化的作品
除日本的美術工藝品之外，本館還收藏著皇室在與海外各國的友好交流中，受贈的各式作品。這些作品不僅能使民眾感受各國各具文化特色和民族風情的造型藝術，同時還能介紹皇室與外國交流的足跡。此外，還有不少反映了皇室文化的作品，例如在喜慶活動中，分贈賓客的銀制糖果盒「Bonbonnière」，以及與明治天皇地方巡幸相關的照片等等。
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- 展出作品因展覽而異。