藏品
皇居三之丸尚藏馆收藏着在皇室世代相传的各式书画及漆器、金属工艺、陶瓷等工艺品，种类繁多，其来源亦不尽相同。
江户时代以前的皇室珍藏
皇居三之丸尚藏馆的藏品中，首先引人瞩目的是自古代至江户时代的历史长河中，在皇室世代相传的作品。代表作包括在京都御所传世、现被指定为日本国宝的《云纸本〈和汉朗咏集〉》（11世纪），以及16世纪末至19世纪的皇族（旧）桂宫家传承的海北友松作《滨松图屏风》（1605年）及狩野探幽作《源氏物语图屏风》（1642年）等等。这些传世珍宝，以皇宫（御所）为中心，如花朵般盛开来的宫廷文化，延续至今，继续向世人传承。
进献皇室的作品
本馆收藏品的另一大特色，是明治时代以后，神社、寺院及旧封建领主等社会各界向皇室进献的作品。其中有许多在现代被指定为国宝的作品，包括“书圣”王羲之书信的唐拓本《丧乱帖》、镰仓时代绘卷的代表作——高阶隆兼作《春日权现验记绘》（约1309年）、狩野永德作《唐狮子图屏风》（16世纪）及伊藤若冲作《动植䌽绘》（18世纪）等声名赫赫的作品。此外，每逢皇家喜庆，各方人士进献的贺礼中，也不乏当时的顶尖美术工艺品。
皇室赏购品
到了近代，皇室还会购入出展博览会和展览会的杰出作品，例如旭玉山的牙雕杰作《官女摆件》（1901年）及土田麦迁的画作《罂粟》（1929年）等等。在近代日本，皇室对优秀美术工艺品的赏购，让当时的美术界生气蓬勃。
御旨特制品
奉天皇或皇后的御旨而特制的作品，作为皇室成员参与制作的事例，其历史意义亦倍受瞩目。其中有些作品被指定为日本的重要文化财，例如，《明治十二年明治天皇御旨〈人物写真帖〉》（约1880年）是收录了约4500名皇族及政府高官的肖像照片的写真帖。1900年，为了在巴黎世博会向世界展现日本美术工艺的高超水平，明治天皇下旨命“帝室技艺员”制作了一批作品，远赴西洋。并河靖之的作品《珐琅四季花鸟图花瓶》（1899年）就是其中之一。另外，《莳绘螺钿菊花纹装饰架》（1903年）是近代漆艺的佼佼者，川之边一朝与一众同仁奉明治天皇之命制作而成的。
传颂近现代皇室活动与文化的作品
除日本的美术工艺品之外，本馆还收藏着皇室在与海外各国的友好交流中受赠的各式作品。这些作品不仅能使观众领略各国各具文化特色和民族风情的造型艺术，同时还能介绍皇室与外国交流的足迹。此外，还有不少反映了皇室文化的作品，例如在喜庆活动中，分赠宾客的银制糖果盒“Bonbonnière”，以及明治天皇巡幸日本各地时的老照片等等。
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- 展出作品因展览而异。